Molecular Docking Galanganol dan Galanal Lengkuas (Alpinia galanga) terhadap Mpro SARS-CoV-2 sebagai Kandidat Inhibitor Antivirus COVID-19

Authors

  • Neng Lia Susilawati Program Studi Tadris Kimia, Universitas Islam Negeri Siber Syekh Nurjati Cirebon, Cirebon
  • Haqoiroh Haqoiroh Program Studi Bioteknologi, Universitas Islam Negeri Siber Syekh Nurjati Cirebon, Cirebon https://orcid.org/0009-0003-6760-7405

Keywords:

Alpinia galanga, Galanganol, Galanal, Main Protease (Mpro), Covid-19, molecular docking

Abstract

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) masih menjadi perhatian dalam pengembangan obat antivirus karena kemampuan virus untuk terus mengalami mutasi. Salah satu target potensial dalam pengembangan antivirus adalah Main Protease (Mpro), enzim penting yang berperan dalam proses replikasi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi penghambatan lima senyawa aktif rimpang lengkuas (Alpinia galanga), yaitu Galanganol A, Galanganol B, Galanganol C, Galanal A, dan Galanal B terhadap Mpro SARS-CoV-2 secara in silico. Simulasi molecular docking dilakukan menggunakan webserver SwissDock dengan protein target Mpro SARS-CoV-2 (PDB ID: 6LU7), sedangkan analisis interaksi dan visualisasi kompleks protein-ligan dilakukan menggunakan Discovery Studio Visualizer. Potensi inhibisi dievaluasi berdasarkan nilai energi bebas pengikatan (binding affinity) dan pola interaksi residu asam amino yang terbentuk, dengan ML188 digunakan sebagai ligan pembanding. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh senyawa aktif lengkuas mampu berinteraksi dengan Mpro SARS-CoV-2, namun dengan tingkat afinitas yang berbeda. Galanganol C menunjukkan nilai binding affinity terbaik sebesar −5,799 kcal/mol, diikuti Galanganol B (−5,244 kcal/mol) dan Galanganol A (−4,968 kcal/mol), yang seluruhnya lebih rendah dibandingkan ML188 (−4,496 kcal/mol). Analisis interaksi menunjukkan bahwa Galanganol C membentuk ikatan hidrogen dengan residu Gln127 dan didukung oleh sejumlah interaksi hidrofobik yang berkontribusi terhadap kestabilan kompleks protein-ligan. Analisis hubungan struktur–aktivitas menunjukkan bahwa keberadaan cincin aromatik dan gugus hidroksil pada kelompok Galanganol berperan penting dalam meningkatkan afinitas pengikatan. Dengan demikian, Galanganol C berpotensi dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat inhibitor Mpro SARS-CoV-2 berbasis bahan alam.

References

Amin, S., Heryanto, P., Athaya, R., & Fitri, N. A. (2024). Perkembangan Terkini dalam Desain Obat Berbasis Kimia Medisinal. Jurnal Ilmu Medis Indonesia, 4(1), 93–100. https://doi.org/10.35912/jimi.v4i1.4558

Amin, S., Nugraha, A. C., & Maulidya, S. A. I. (2022). Skrining Virtual Senyawa Alkaloid Sebagai Inhibitor Main Protease Untuk Kandidat Anti-Sars-Cov-2. Deepublish.

Atmojo, J. T., Akbar, P. S., Kuntari, S., Yulianti, I., & Darmayanti, A. T. (2020). Definisi dan Jalur Penularan Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 atau COVID 19. Jurnal Pendidikan Kesehatan, 9(1), 57–64. https://doi.org/10.31290/jpk.v9i1.1513

Badriyah, L., Ifandi, S., & Alfiza, I. S. (2023). Analisis Kualitatif Fitokimia pada Rimpang Lengkuas Putih (Alpinia galanga L.) sebagai antibakteri Klebsiella Pneumonia. Journal of Herbal, Clinical and Pharmaceutical Science (HERCLIPS), 4(02), 11. https://doi.org/10.30587/herclips.v4i02.5356

Fajarini, S. R., Amin, S., Ansyirohanisa, Habib, B. M., & Darmawan, M. R. (2025). From Laboratory to Algorithm: The Role of Computational Methods in New Drug Design Discovery in the Digital Era. Jurnal Farmasimed (JFM), 8(1), 1–10. https://doi.org/10.35451/8f4xh746

Hakiki, A., Andika, A., & Rahmawati, R. (2024). Studi Molecular Docking dan Prediksi ADMET Senyawa Turunan Kurkumin Sebagai Inhibitor Kasein Kinase 2-α. Lumbung Farmasi: Jurnal Ilmu Kefarmasian, 5(2), 195. https://doi.org/10.31764/lf.v5i2.22563

Handayani, M. T. R., Revina, R., Perkasa, T. A. B., Jati, M. A. S., Husain, F., Imrawati, I., Puspitasari, A. D., Megawati, M., Ambardhani, N., Supardan, A. D., & Rahmawati, N. (2025). Dasar-Dasar Sintesis Obat. CV Eureka Media Aksara.

Hu, B., Guo, H., Zhou, P., & Shi, Z.-L. (2021). Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nature Reviews Microbiology, 19(3), 141–154. https://doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7

Hu, Q., Xiong, Y., Zhu, G., Zhang, Y., Zhang, Y., Huang, P., & Ge, G. (2022). The SARS‐CoV‐2 main protease (Mpro): Structure, function, and emerging therapies for COVID‐19. MedComm, 3(3), e151. https://doi.org/10.1002/mco2.151

Indrati, R., Utami, T., & Witasari, L. D. (2026). Ilmu Dan Teknologi Enzim Pangan. Tren Digital Publishing.

Jin, Z., Du, X., Xu, Y., Deng, Y., Liu, M., Zhao, Y., Zhang, B., Li, X., Zhang, L., Peng, C., Duan, Y., Yu, J., Wang, L., Yang, K., Liu, F., Jiang, R., Yang, X., You, T., Liu, X., Yang, H. (2020). Structure of Mpro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors. Nature, 582(7811), 289–293. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2223-y

Komara, H., & Amin, S. (2025). Literature Review: Tantangan Inovasi Kimia Medisinal Dalam Pengembangan Obat Covid-19. Journal of Public Health Science, 2(2), 191–127. https://doi.org/10.70248/jophs.v2i2.2193

Laksmitawati, D. R., Pratami, D. K., Widowati, W., Kusuma, H. S. W., Wijayanti, C. R., & Rizal, R. (2022). The Potency of Alpinia galanga as Natural Antioxidant. Majalah Obat Tradisional, 27(3), 165–171. https://doi.org/10.22146/mot.72450

Lockbaum, G. J., Reyes, A. C., Lee, J. M., Tilvawala, R., Nalivaika, E. A., Ali, A., Kurt Yilmaz, N., Thompson, P. R., & Schiffer, C. A. (2021). Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease in Complex with the Non-Covalent Inhibitor ML188. Viruses, 13(2), 174. https://doi.org/10.3390/v13020174

Ma, X.-N., Xie, C.-L., Miao, Z., Yang, Q., & Yang, X.-W. (2017). An overview of chemical constituents from Alpinia species in the last six decades. RSC Advances, 7(23), 14114–14144. https://doi.org/10.1039/C6RA27830B

Majewski, M., Ruiz-Carmona, S., & Barril, X. (2019). An investigation of structural stability in protein-ligand complexes reveals the balance between order and disorder. Communications Chemistry, 2(1), 110. https://doi.org/10.1038/s42004-019-0205-5

Muttaqin, F. Z., Ismail, H., & Muhammad, H. N. (2019). Studi Molecular Docking, Molecular Dynamic, Dan Prediksi Toksisitas Senyawa Turunan Alkaloid Naftiridin Sebagai Inhibitor Protein Kasein Kinase 2-Α Pada Kanker Leukemia. Pharmacoscript, 2(1), 49–64. https://doi.org/10.36423/pharmacoscript.v2i1.241

Pinzi, L., & Rastelli, G. (2019). Molecular Docking: Shifting Paradigms in Drug Discovery. International Journal of Molecular Sciences, 20(18). https://doi.org/10.3390/ijms20184331

Youn, I., Han, A.-R., Piao, D., Lee, H., Kwak, H., Lee, Y., Nam, J.-W., & Kyoung Seo, E. (2024). Phytochemical and pharmacological properties of the genus Alpinia from 2016 to 2023. Natural Product Reports, 41(9), 1346–1367. https://doi.org/10.1039/D4NP00004H

Zhang, L., Lin, D., Sun, X., Curth, U., Drosten, C., Sauerhering, L., Becker, S., Rox, K., & Hilgenfeld, R. (2020). Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors. Science, 368(6489), 409–412. https://doi.org/10.1126/science.abb3405

Zhou, Y.-Q., Liu, H., He, M.-X., Wang, R., Zeng, Q.-Q., Wang, Y., Ye, W.-C., & Zhang, Q.-W. (2018). Chapter 11—A Review of the Botany, Phytochemical, and Pharmacological Properties of Galangal. In A. M. Grumezescu & A. M. Holban (Eds.), Natural and Artificial Flavoring Agents and Food Dyes (pp. 351–396). Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-811518-3.00011-9

Downloads

Published

2026-06-29

Issue

Vol. 5 No. 01 (2026): June, 2026

Section

Articles

License

Copyright (c) 2026 Neng Lia Susilawati, Haqoiroh Haqoiroh

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Authors retain the copyright of their published articles in Research and Practice of Educational Chemistry (RESPEC).

All published articles in RESPEC are licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).

This license permits:

  • Sharing — copying and redistributing the material in any medium or format.
  • Adapting — remixing, transforming, and building upon the material for any purpose, including commercial purposes.

Under the following terms:

  • Attribution — appropriate credit must be given to the original authors and source, a link to the license must be provided, and any changes made must be indicated.

This license allows broad dissemination and reuse of the published material, provided that proper attribution is given to the original authors and source.

The full license terms can be found at Creative Commons Attribution 4.0 International License .

How to Cite

Molecular Docking Galanganol dan Galanal Lengkuas (Alpinia galanga) terhadap Mpro SARS-CoV-2 sebagai Kandidat Inhibitor Antivirus COVID-19. (2026). Research and Practice of Educational Chemistry, 5(01), 41-51. https://journal1.uinssc.ac.id/index.php/respec/article/view/24468